De rookgasreiniging is een belangrijk onderdeel, het zorgt ervoor dat voldaan wordt aan de strenge luchtemissiewaarden die in de milieuvergunning zijn opgenomen. Daarvoor worden de rookgassen, die bij verbranding vrijkomen, in vier stappen gereinigd. Ook dit proces wordt continu vanuit de controlekamer in de gaten gehouden.

De eerste stap is het gebruik van een elektrostatisch filter waarmee circa 90% van het stof (vliegas) uit de rookgassen gehaald wordt. De naam zegt het al: metalen platen worden onder een spanning van 30.000 volt gezet, de statische elektriciteit die ontstaat trekt stoffen aan. Die stoffen worden van de metalen platen 'geschud', opgevangen en afgevoerd.

De tweede stap in de reiniging is het toevoegen van natriumbicarbonaat en actief kool. De additieven nemen de aanwezige (gasvormige) verontreinigingen op. Natriumbicarbonaat zorgt voor opname van zure verbindingen zoals zoutzuur (HCl), zwaveldioxide ( SO₂ ) en waterstoffluoride (HF). Het actief kool zorgt voor opname van zware metalen en organische verbindingen zoals dioxinen en furanen.

De derde stap in de reiniging is een doekenfilter. Dit filter bestaat uit twee compartimenten, met in elk compartiment vier units met ieder 320 'doeken'. Dit zijn metershoge, langgerekte filters waar de gassen doorgevoerd worden. Het stof en de additieven kleven aan de buitenkant van de doeken, na het schudden van de doeken worden de stoffen opgevangen en afgevoerd. Het doekenfilter is in dubbele capaciteit uitgevoerd. Dit betekent dat bij onderhoud of storing van het elektrostatisch filter het doekenfilter zelfstandig de reiniging van stof binnen de vergunde waarden kan uitvoeren.

De vierde stap in de reiniging is een zogenaamde katalysator die ervoor zorgt dat stikstofoxyden (NOx) door middel van een ammoniakoplossing (NH₄OH) uit de rookgassen wordt verwijderd. De stikstofoxyden wordt omgezet in stikstof en water.

De gereinigde rookgassen verlaten de REC via een schoorsteen. De hoogte van de schoorsteen is 44 meter, gelijk aan de hoogte van het hoofdcomplex.  Een hogere schoorsteen heeft geen effect op de samenstelling van emissies, wel op de verspreiding daarvan. Door de hoge snelheid (17 meter per seconde) en de temperatuur van de gassen (130 graden) stijgen de rookgassen hoog op.